MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactobacillus plantarum 16 plasmid Lp16I

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021528	TG	3	6	8	13	0 %	50 %	50 %	0 %	513846968
2	NC_021528	CAT	2	6	60	65	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846968
3	NC_021528	GAC	2	6	69	74	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	513846968
4	NC_021528	A	8	8	85	92	100 %	0 %	0 %	0 %	513846968
5	NC_021528	AGA	2	6	113	118	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846968
6	NC_021528	GCA	2	6	177	182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	513846968
7	NC_021528	AAC	2	6	253	258	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	513846968
8	NC_021528	AAAAT	2	10	314	323	80 %	20 %	0 %	0 %	513846968
9	NC_021528	CCA	2	6	473	478	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	513846968
10	NC_021528	AAG	3	9	491	499	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846968
11	NC_021528	TCA	2	6	539	544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846968
12	NC_021528	CCAGC	2	10	592	601	20 %	0 %	20 %	60 %	513846968
13	NC_021528	GAA	2	6	657	662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846968
14	NC_021528	CCG	2	6	700	705	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	513846968
15	NC_021528	GAA	2	6	706	711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846968
16	NC_021528	GAA	2	6	732	737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846968
17	NC_021528	AGG	2	6	798	803	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	513846968
18	NC_021528	GAAC	2	8	821	828	50 %	0 %	25 %	25 %	513846969
19	NC_021528	AAG	2	6	913	918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846969
20	NC_021528	GCCA	2	8	1059	1066	25 %	0 %	25 %	50 %	513846969
21	NC_021528	GTA	2	6	1117	1122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	513846969
22	NC_021528	AAG	2	6	1132	1137	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846969
23	NC_021528	GA	3	6	1180	1185	50 %	0 %	50 %	0 %	513846969
24	NC_021528	T	6	6	1242	1247	0 %	100 %	0 %	0 %	513846969
25	NC_021528	TGT	3	9	1261	1269	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	513846969
26	NC_021528	CGG	2	6	1361	1366	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	513846969
27	NC_021528	CAT	2	6	1409	1414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846969
28	NC_021528	ACTTA	2	10	3584	3593	40 %	40 %	0 %	20 %	513846970
29	NC_021528	CGG	2	6	3596	3601	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	513846970
30	NC_021528	AGC	2	6	3603	3608	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	513846970
31	NC_021528	CGG	2	6	3733	3738	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	513846970
32	NC_021528	ATGG	2	8	3785	3792	25 %	25 %	50 %	0 %	513846970
33	NC_021528	ATA	2	6	3795	3800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	513846970
34	NC_021528	TGAT	2	8	3875	3882	25 %	50 %	25 %	0 %	513846970
35	NC_021528	CT	3	6	3997	4002	0 %	50 %	0 %	50 %	513846970
36	NC_021528	CAC	2	6	4020	4025	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	513846970
37	NC_021528	TCA	2	6	4081	4086	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846970
38	NC_021528	TCCG	2	8	4091	4098	0 %	25 %	25 %	50 %	513846970
39	NC_021528	TGA	2	6	4123	4128	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	513846970
40	NC_021528	T	6	6	4148	4153	0 %	100 %	0 %	0 %	513846970
41	NC_021528	ACCA	2	8	4283	4290	50 %	0 %	0 %	50 %	513846970
42	NC_021528	CGA	2	6	4337	4342	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	513846970
43	NC_021528	T	7	7	4440	4446	0 %	100 %	0 %	0 %	513846970
44	NC_021528	CGC	2	6	4460	4465	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	513846970
45	NC_021528	ATT	2	6	4476	4481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	513846970
46	NC_021528	TGA	2	6	4489	4494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	513846970
47	NC_021528	GTAGC	2	10	4544	4553	20 %	20 %	40 %	20 %	513846970
48	NC_021528	T	7	7	4590	4596	0 %	100 %	0 %	0 %	513846970
49	NC_021528	TTGT	2	8	4643	4650	0 %	75 %	25 %	0 %	513846970
50	NC_021528	TGA	2	6	5510	5515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	513846971
51	NC_021528	GCG	2	6	5623	5628	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	513846971
52	NC_021528	ACA	3	9	5644	5652	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	513846971
53	NC_021528	TAA	2	6	5681	5686	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	513846971
54	NC_021528	CAA	2	6	5709	5714	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	513846971
55	NC_021528	AAG	2	6	5737	5742	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846971
56	NC_021528	ATCA	2	8	5787	5794	50 %	25 %	0 %	25 %	513846971
57	NC_021528	AT	3	6	5797	5802	50 %	50 %	0 %	0 %	513846971
58	NC_021528	CAA	2	6	5814	5819	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	513846971
59	NC_021528	AAAAT	2	10	5826	5835	80 %	20 %	0 %	0 %	513846971
60	NC_021528	TTA	2	6	5896	5901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	513846971
61	NC_021528	TAAAC	2	10	5909	5918	60 %	20 %	0 %	20 %	513846971
62	NC_021528	GTT	3	9	7338	7346	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	513846972
63	NC_021528	CAG	2	6	7354	7359	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	513846972
64	NC_021528	TAA	2	6	7374	7379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	513846972
65	NC_021528	TTC	2	6	7517	7522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	513846972
66	NC_021528	GTTTC	2	10	7554	7563	0 %	60 %	20 %	20 %	513846972
67	NC_021528	AGTT	2	8	9153	9160	25 %	50 %	25 %	0 %	513846973
68	NC_021528	TAA	2	6	9259	9264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	513846973
69	NC_021528	AACC	2	8	9312	9319	50 %	0 %	0 %	50 %	513846973
70	NC_021528	TGA	2	6	9337	9342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	513846973
71	NC_021528	CCTTAG	2	12	9367	9378	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	513846973
72	NC_021528	T	6	6	9416	9421	0 %	100 %	0 %	0 %	513846973
73	NC_021528	GAA	2	6	9458	9463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846973
74	NC_021528	AGT	2	6	9563	9568	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	513846973
75	NC_021528	ACT	2	6	9608	9613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846973
76	NC_021528	A	6	6	9632	9637	100 %	0 %	0 %	0 %	513846973
77	NC_021528	T	7	7	9640	9646	0 %	100 %	0 %	0 %	513846973
78	NC_021528	A	6	6	9698	9703	100 %	0 %	0 %	0 %	513846973
79	NC_021528	TTA	2	6	9705	9710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	513846973
80	NC_021528	AGA	2	6	9721	9726	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846973
81	NC_021528	A	7	7	9760	9766	100 %	0 %	0 %	0 %	513846973
82	NC_021528	GAAA	2	8	9821	9828	75 %	0 %	25 %	0 %	513846973
83	NC_021528	ATG	2	6	9897	9902	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	513846973
84	NC_021528	AAC	2	6	9961	9966	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	513846973
85	NC_021528	CAAG	2	8	10022	10029	50 %	0 %	25 %	25 %	513846973
86	NC_021528	AAAT	2	8	10227	10234	75 %	25 %	0 %	0 %	513846974
87	NC_021528	A	6	6	10252	10257	100 %	0 %	0 %	0 %	513846974
88	NC_021528	CAG	2	6	10267	10272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	513846974
89	NC_021528	AT	4	8	10370	10377	50 %	50 %	0 %	0 %	513846974
90	NC_021528	ATT	2	6	10391	10396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	513846974
91	NC_021528	A	6	6	10409	10414	100 %	0 %	0 %	0 %	513846974
92	NC_021528	AAT	2	6	10438	10443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	513846974
93	NC_021528	T	6	6	10451	10456	0 %	100 %	0 %	0 %	513846974
94	NC_021528	ATC	2	6	10464	10469	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846974
95	NC_021528	T	7	7	10474	10480	0 %	100 %	0 %	0 %	513846974
96	NC_021528	AAG	2	6	10535	10540	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846974
97	NC_021528	ATC	2	6	10570	10575	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846974
98	NC_021528	ATT	2	6	10579	10584	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	513846974
99	NC_021528	T	6	6	10588	10593	0 %	100 %	0 %	0 %	513846974
100	NC_021528	CTT	2	6	10656	10661	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	513846974
101	NC_021528	ATT	2	6	10698	10703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	513846974
102	NC_021528	ACT	2	6	10738	10743	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846974
103	NC_021528	T	7	7	10769	10775	0 %	100 %	0 %	0 %	513846974
104	NC_021528	ATT	2	6	10777	10782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	513846974
105	NC_021528	A	6	6	10840	10845	100 %	0 %	0 %	0 %	513846974
106	NC_021528	AT	4	8	11430	11437	50 %	50 %	0 %	0 %	513846975
107	NC_021528	T	6	6	11446	11451	0 %	100 %	0 %	0 %	513846975
108	NC_021528	AG	3	6	11461	11466	50 %	0 %	50 %	0 %	513846975
109	NC_021528	AT	3	6	11478	11483	50 %	50 %	0 %	0 %	513846975
110	NC_021528	TA	3	6	11508	11513	50 %	50 %	0 %	0 %	513846975
111	NC_021528	GAG	2	6	11530	11535	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	513846975
112	NC_021528	T	7	7	11556	11562	0 %	100 %	0 %	0 %	513846975
113	NC_021528	TTC	2	6	11570	11575	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	513846975
114	NC_021528	TAT	2	6	11580	11585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	513846975
115	NC_021528	CTT	2	6	11591	11596	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	513846975
116	NC_021528	ATC	2	6	11597	11602	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	513846975
117	NC_021528	GTG	2	6	11619	11624	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	513846975
118	NC_021528	AAT	2	6	11630	11635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	513846975
119	NC_021528	T	7	7	11640	11646	0 %	100 %	0 %	0 %	513846975
120	NC_021528	T	6	6	11666	11671	0 %	100 %	0 %	0 %	513846975
121	NC_021528	AACAA	2	10	11701	11710	80 %	0 %	0 %	20 %	513846975
122	NC_021528	TAAA	2	8	11733	11740	75 %	25 %	0 %	0 %	513846975
123	NC_021528	CAA	2	6	11744	11749	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	513846975
124	NC_021528	TGA	2	6	11793	11798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	513846975
125	NC_021528	T	6	6	11809	11814	0 %	100 %	0 %	0 %	513846975
126	NC_021528	GAA	2	6	11852	11857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	513846975
127	NC_021528	AAT	2	6	11872	11877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	513846975
128	NC_021528	GTT	2	6	11896	11901	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	513846975
129	NC_021528	CT	3	6	11921	11926	0 %	50 %	0 %	50 %	513846975
130	NC_021528	T	6	6	12046	12051	0 %	100 %	0 %	0 %	513846975
131	NC_021528	TGCC	2	8	12055	12062	0 %	25 %	25 %	50 %	513846975
132	NC_021528	TTA	2	6	12083	12088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	513846975
133	NC_021528	CAA	3	9	12151	12159	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	513846975
134	NC_021528	ATA	2	6	12240	12245	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	513846975
135	NC_021528	A	7	7	12256	12262	100 %	0 %	0 %	0 %	513846975

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.